| 稿件标题： | 基于生物信息学筛选活动性结核差异基因和验证 |
| 稿件作者： | 马庆庆,龚亚东,刘木波,韩晓静,陈云华,唐 竹 |
| 关键字词： | [关键词] 结核; 计算生物学; 差异基因; 验证 |
| 文章摘要： | [摘 要] 目的 基于生物信息学方法探究结核病患者基因表达差异和生物学过程改变,为结核病的诊 治提供依据。 方法 2021年3月搜索美国国立生物技术信息中心的基因表达数据库中结核病相关基因芯片, 下载 GSE29536与 GSE42834芯片数据。 使用 GEO2R 与bioinformatics在线分析差异基因。 利用 R 语言包进 行基因本体功能分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集。 利用 STRING 数据库分析蛋白相互作 用,应用 Cytoscape软件分析关键(hub)基因。 结果 获得差异基因166个,包括114个上调基因和52个下调 基因;主要富集在防御病毒、免疫反应、先天免疫反应等生物过程;介导蛋白质结合、腺苷三磷酸结合等分子功 能;富集在细胞质、胞质溶胶、质膜等组成部分及线粒体等细胞组分。 KEGG 通路主要富集在甲型流行性感冒、 单纯疱疹、麻疹等信号通路。 信号传导及转录活化因子1(STAT1)、ISG15、OAS1表达上调,差异均有统计学 意义(P <0. 05)。 结论 STAT1、CXCL10、干扰素调节因子 7、ISG15、IFIH1、IFIT1、IFIT3、GBP1、OAS1、 OAS2为结核病患者最相关特征基因,免疫反应、防御病毒等信号通路与结核病密切相关,STAT1、ISG15、 OAS1表达上调,为后续研究提供了重要思路。 |
| 文章基金： | 基金项目:贵州省遵义市科学技术基金资助项目(遵市科合社字〔2018〕30号;遵市科合支撑 NS〔2019〕6号;遵市科人才〔2021〕8号) 。 |
| 杂志名称： | 现代医药卫生 |
| 文章刊期： | 2022年38卷3期 |
| 文章栏目： | 论著 |
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