稿件标题: | miRNA let7对小鼠脑组织基因表达谱的影响研究 |
稿件作者: | 伊力亚斯·艾萨,卡哈尔江·艾力,阿布力米提·麦提图荪,付瑾 |
关键字词: | 基因芯片;表达谱;微小RNA;生物信息学 |
文章摘要: | [摘要]目的研究miRNA let7的分子作用机制。方法从GEO数据库下载数据集GSE60848,该数据集包含了两对let7敲低的小鼠脑组织样本和两对正常脑组织样本。采用GEO2R工具对其进行差异基因表达分析,筛选出差异表达的候选基因,并采用DAVID在线数据库对候选基因进行GO和KEGG富集分析。采用STRING数据库构建蛋白互作网络,并采用Cyotoscape软件对其结果进行可视化处理,进一步筛选出关键基因,并构建相应调控子网络。结果分析筛选得到77个具有显著表达差异的基因,其中68个显著上调基因,7个显著下调基因。上述差异表达的基因主要发挥免疫应答、抗原递呈、三磷酸鸟苷(GTP)酶活性、GTP连接等生物功能,并显著富集在糖代谢、细胞黏附、抗原加工提呈、吞噬小体等信号通路中。通过分析let7-mRNA调控网络,最终筛选得到发挥核心调控作用的10个关键基因。结论let7对生物系统发挥广谱且有效的调控作用,其机制可能是通过靶向调控TRIM30A、GBP3、PARP14、IFIT2等基因来发挥生物学功能。 |
杂志名称: | 现代医药卫生 |
文章刊期: | 2022年38卷18期 |
文章栏目: | 论著 |
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